庙宇高三层，整栋通高和第一层面阔均约十米左右，越上层面积越递减。
内墙与天花板纹饰及三尊主要供像的腰布彩绘具有极高的艺术成就。
大殿入口是一个木质门廊，历经千年，不倒不朽。
木质门廊的柱头形制，来自古代希腊石雕门柱，但有所简化，已经演变成经典的藏式建筑木柱。
木质横梁间有三个三角形框，每个里面都有一尊健陀罗风格的佛像。
大殿一层，入口处绘有壁画。
左下侧胁侍头戴骷髅冠，左手奉嘎巴拉碗，右手持剑。
右下侧胁侍身披孔雀羽斗篷，右手持金刚杵，左手奉嘎巴拉碗。
该殿第一层西壁、东壁和北壁各开一大型佛龛，分别供奉观音、文殊及弥勒菩萨立像。
根据弥勒菩萨足侧的题记，此三尊依次代表密教要义之身、语、意三业。
周围墙壁上密布着精美的图案，包括佛像、曼荼罗、人物、动物、花卉等等。
观音和文殊皆高四米左右，弥勒高有五米，头部和龛顶延伸至第二层。
三尊像均为四臂，各结印相，戴高耸宝冠，身饰璎珞，下身彩绘腰布，各以其特定主题描绘种种图景，构图精丽细致，极具特色。
观音菩萨腰布上分布佛教寺院，印度禅殿，宫殿民房等世间建筑，共十四座，并有佛、菩萨、神祗像及社会各阶层人物跃然其间，似代表观音慈悲救度迷悟众生。
弥勒菩萨腰布密布排列规整的圆轮，内六十余幅佛传图，内容偏重佛陀成道前之事迹。
另有，其为菩萨时住于兜率天的景象。
从弥勒为未来佛和彩图题材推测，这些图像应为表现弥勒当来下生，一如释迦牟尼佛般成道度众。
文殊菩萨腰布主要描八十六尊大成就者像，代表菩萨之大智慧。
构图以无数七彩小方格，对角排列，划分出八十五个区块，内绘或单独或有伴之大成就者。
另于文殊股间下绘制有一身形较大的坐像，当为那洛巴尊者。
诸像身形，姿态迥然不同。
东西北三壁龛外两侧壁和南壁绘制佛、菩萨像，总计能计逾三千尊。
包括西壁八百一十四尊阿弥陀佛坐像，东壁七百二十八尊文殊菩萨坐像，北壁七百一十二尊阿閦佛坐像及南壁一千零六十三尊阿閦佛坐像，俨然为壮丽的千佛化境。
共有五尊绿度母像。
中央主尊相对尺寸较大，余四尊上下对称列于两侧。
主尊六臂，下裳缀饰弓箭手及交叠的动物图像，华丽非常。
三右手分别持念珠、金刚戟及作与愿印。
左手则执经卷、宝瓶和结印，趺坐莲座。
身侧各有一蓝色长茎莲花，身后以一巨大圆轮衬托其形象大致与《成就法鬘》中所相同。
主尊头部微侧，侧向的眼睛凸出脸部轮廓外，很有特色。
此壁画构图，似寓意佛的报、化、法三身。
左下右下方，度母现凡人相，可能代表佛的报身，度化众生。
左上与右上方，度母呈超凡的多臂造型，或代表佛的化身，能随应众生现种种形。
六臂主尊则代表佛的法身，具足一切善法。
画面左侧男子蓄须，戴红帽，着黄袍。
右侧女子呈贵族装扮或为皇后，穿红袍，披白色斗篷，手持珠链及珍宝，作供养状。
此二人紧邻主尊，可能为此图供养人或三层堂建筑之功德主。
图左上方与右上方的四臂绿度母，一跣足立于莲台，一跏趺而坐，各戴华冠，身饰璎珞，皆持相同法器，印相。
左下方与右下方绿度母宝冠华美，衣饰繁复，身形婀娜呈立姿，转脸俯视须弥座上之男女供养人。
佛带莲瓣形头光及背光。
头光内缘饰彩珠，背光内圈边缘纹饰似小型烛火，整齐排列。
发髻圆凸，眉间现白毫，双眼长，嘴小微抿，下颌丰满，面相中见清秀。
着通肩袈裟，赋以红、蓝、白等色，间缀碎花，肩披珠串，长垂过膝。
右手当胸施无畏印，左手自然垂下，足掌外展而立，背景为寺院建筑，高耸之层层锥形屋顶，具喀什米尔建筑风格。